Variante do SARS-CoV-2 Beta - SARS-CoV-2 Beta variant
A variante beta , também conhecida como linhagem B.1.351 , é uma variante do SARS-CoV-2 , o vírus que causa o COVID-19 . Uma das várias variantes do SARS-CoV-2 que se acredita ser de particular importância , foi detectado pela primeira vez na área metropolitana de Nelson Mandela Bay , na província de Eastern Cape , na África do Sul, em outubro de 2020, o que foi relatado pelo departamento de saúde do país em 18 de dezembro 2020. A análise filogeográfica sugere que esta variante surgiu na área da Baía de Nelson Mandela em julho ou agosto de 2020.
A Organização Mundial da Saúde rotulou a variante como variante Beta, não para substituir o nome científico, mas como um nome para o público comumente se referir. A OMS considera que é uma variante de preocupação .
Mutações
Gene | Nucleotide | Aminoácido |
---|---|---|
ORF1ab | C1059T | T265I |
G5230T | K1655N | |
C8660T | H2799Y | |
C8964T | S2900L | |
A10323G | K3353R | |
G13843T | D4527Y | |
C14408T 1 | P4715L | |
C17999T | T5912I | |
Espigão | C21614T | L18F |
A21801C | D80A | |
A22206G | D215G | |
G22299T | R246I | |
G22813T | K417N | |
G23012A | E484K | |
A23063T | N501Y | |
A23403G 1 | D614G | |
G23664T | A701V | |
ORF3a | G25563T | Q57H |
C25904T | S171L | |
E | C26456T | P71L |
N | C28887T | T205I |
Nota de rodapé: 1 Apresentado na linhagem pai B.1. Fonte: Tegally et al. (2020) , Fig complementar S8 |
Existem três mutações de interesse particular na região de pico do genoma da linhagem B.1.351:
- K417N
- E484K
- N501Y
e mais cinco mutações de pico que até agora geraram menos preocupação:
- L18F
- D80A
- D215G
- R246I
- A701V
Longe da região do pico, ele também carrega: K1655N, deleção SGF 3675-3677, P71L e T205I.
Os cientistas notaram que a variante é capaz de se ligar mais facilmente às células humanas por causa de três mutações no domínio de ligação ao receptor (RBD) na glicoproteína de pico do vírus: N501Y (uma mudança de asparagina (N) para tirosina (Y) em posição de aminoácido 501), K417N e E484K. Duas dessas mutações, E484K e N501Y, estão dentro do motivo de ligação ao receptor (RBM) do domínio de ligação ao receptor (RBD).
A mutação N501Y também foi detectada no Reino Unido. Duas mutações encontradas na variante Beta, E484K e K417N, não são encontradas na variante Alfa . Além disso, Beta não tem a mutação 69-70del encontrada na outra variante.
Eficácia da vacina
Em 4 de janeiro de 2021, o jornal britânico The Telegraph relatou que o imunologista de Oxford, Sir John Bell, acreditava que havia "um grande ponto de interrogação" sobre a potencial resistência da nova variante sul-africana às vacinas COVID-19 , levantando temores de que as vacinas possam não funcionar tão eficazmente. cepa variante. No mesmo dia Shabir Madhi , professor de vacinologia da Universidade de Witwatersrand , comentou à CBS News que "não é um dado adquirido" que a nova variante Beta (variante 501.V2) seria capaz de escapar das vacinas, mas deveria ser considerado que eles "podem não ter toda a eficácia". As mutações adicionais na proteína spike em Beta foram levantadas como um fator preocupante por Simon Clarke, professor associado de microbiologia celular na Universidade de Reading , no sentido de que "podem tornar o vírus menos suscetível à resposta imunológica desencadeada pelas vacinas" . Lawrence Young, um virologista da Warwick University , também observou que as múltiplas mutações de pico da variante "podem levar a alguma fuga da proteção imunológica".
A alteração do aminoácido E484K, uma mutação do domínio de ligação ao receptor (RBD), foi relatada como "associada ao escape de anticorpos neutralizantes", o que pode afetar adversamente a eficácia das vacinas COVID dependentes de proteína de pico. A mutação de pico E484K foi associada a um caso de reinfecção com a variante Beta do SARS-CoV-2 no Brasil, considerada pelos pesquisadores o primeiro caso de reinfecção envolvendo essa mutação. A possibilidade de uma alteração na antigenicidade foi referida como uma "mutação de escape" de um anticorpo monoclonal com a capacidade de neutralizar as variantes da proteína spike do SARS-CoV-2. Isso sugere que as vacinas existentes podem e devem ser atualizadas para combater as novas cepas sem recurso a testes em fases.
Janssen
Em janeiro, a Johnson & Johnson , que realizou testes para sua vacina Janssen (Ad26.COV2.S) na África do Sul , relatou que o nível de proteção contra infecção moderada a grave por COVID-19 foi de 72% nos Estados Unidos, mas 64% em África do Sul .
Pfizer – BioNTech
Em 17 de fevereiro de 2021, a Pfizer anunciou que a atividade de neutralização foi reduzida em dois terços para a variante Beta, enquanto evitava fazer alegações sobre a eficácia da vacina na prevenção de doenças como resultado desta variante.
Em 16 de março de 2021, a Autoridade Reguladora de Produtos de Saúde da África do Sul (SAHPRA) aprovou a vacina Pfizer-BioNTech (BNT162b2) para a seção 21 Autorização de Uso de Emergência.
Em 1 de abril de 2021, uma atualização sobre um ensaio de vacina na África do Sul declarou que a vacina era 100% eficaz até o momento (ou seja, os participantes vacinados não viram nenhum caso), com seis das nove infecções no grupo de controle com placebo sendo a variante Beta (linhagem B .1.351). No entanto, nove dias depois, um estudo israelense descobriu que a variante estava presente mesmo em pessoas que receberam as duas injeções da vacina, sua prevalência um aumento desproporcional de oito vezes entre os indivíduos vacinados em comparação com as cepas selvagens.
Em 5 de maio de 2021, uma carta resumindo os resultados do Grupo de Estudo Nacional do Catar para a Vacinação COVID-19 mostrou 75% de eficácia contra a infecção, com nenhum caso de doença grave.
Oxford – AstraZeneca
Em 6 de fevereiro de 2021, o Financial Times relatou que os dados do ensaio provisório de um estudo realizado pela University of the Witwatersrand da África do Sul em conjunto com a Oxford University demonstraram eficácia reduzida da vacina Oxford – AstraZeneca COVID-19 (AZD1222) contra a variante Beta. O estudo descobriu que, em uma amostra de 2.000, a vacina AZD1222 proporcionou apenas "proteção mínima" em todos os casos, exceto nos casos mais graves de COVID-19 .
Em 7 de fevereiro de 2021, o governo sul-africano suspendeu a implantação planejada de cerca de 1 milhão de doses da vacina enquanto examinava os dados e aguardava aconselhamento sobre como proceder. O governo sul-africano posteriormente cancelou o uso da vacina, vendendo seu suprimento para outros países africanos, e mudou seu programa de vacinação para usar a vacina Janssen COVID-19 .
Em julho de 2021, após o aumento da incidência de Beta na França, o Reino Unido - um grande usuário da vacina AstraZeneca - impôs restrições adicionais às pessoas que viajavam da França para o Reino Unido. No entanto, a incidência na França é no território do Oceano Índico La Réunion , como apontado pela política e médica francesa Veronique Trillet-Lenoir .
BBIBP-CorV
Outros países africanos começaram o lançamento do BBIBP-CorV de Sinopharm , com Marrocos , Egito , Seychelles e Zimbábue iniciando o lançamento em massa. Até agora, a vacina se mostrou resistente à variante Beta, conforme demonstrado no Zimbábue. Em 2 de fevereiro de 2021, um papel pré-impresso anunciou que a atividade de neutralização foi reduzida em 1,6 vezes para a variante Beta.
Moderna
Em fevereiro, a Moderna relatou que a vacina atual ( mRNA-1273 ) produzia apenas um sexto dos anticorpos em resposta à variante sul-africana em comparação com o vírus original. Eles lançaram um ensaio de uma nova vacina para combater a variante Beta.
Sputnik V
A Autoridade Reguladora de Produtos de Saúde da África do Sul (SAHPRA) confirmou que recebeu a documentação para a vacina desenvolvida pelo Instituto Gamaleya na Rússia .
Sputnik V (Gam-COVID-Vac) é uma das três vacinas Covid em todo o mundo com uma eficácia superior a 90% em casos sintomáticos. Foi considerado um pouco menos eficaz, mas funcionou melhor do que seus rivais. [1] Uma redução de três vezes no VNA foi encontrada contra a variante beta. [2] [3]
CoronaVac
CoronaVac ainda não foi aprovado para uso pela Autoridade de Produtos de Saúde da África do Sul (SAHPRA). Até o momento, a Sinovac se ofereceu para fornecer à África do Sul 5 milhões de doses da vacina.
Covaxin
A Covaxin demonstrou ser eficaz contra a variante beta, embora com uma redução de três vezes na neutralização.
CoviVac
As informações sobre a vacina CoviVac ainda não foram entregues ao governo sul-africano.
EpiVacCorona
A informação sobre a vacina EpiVacCorona ainda não foi entregue ao governo sul-africano .
ZF2001
As informações sobre a vacina ZF2001 estão em processo de entrega ao governo sul-africano .
Novavax
Um estudo sobre a vacina NVX-CoV2373 Novavax mostrou 60% de eficácia (para participantes HIV-negativos) na África do Sul , em comparação com 90% de eficácia na Grã-Bretanha .
ImmunityBio
O Instituto BioVac , uma empresa sul-africana de vacinas apoiada pelo estado , planeja usar um acordo que ganhou para fabricar vacinas contra o coronavírus . O contrato com a americana baseada ImmunityBio Inc está atualmente conduzindo fase 1 de ensaios de vacinas com a sua vacina hAd5 nos Estados Unidos e África do Sul.
A ImmunityBio e a BioVac planejam distribuir as vacinas em toda a África do Sul e África.
Epidemiologia
Pesquisadores e funcionários relataram que a prevalência da variante foi maior entre os jovens sem condições de saúde subjacentes e causa mais frequentemente doenças graves em tais casos do que outras variantes. O departamento de saúde da África do Sul também indicou que a variante pode estar impulsionando a segunda onda da pandemia COVID-19 no país, já que a variante se espalha mais rápido do que outras variantes anteriores do vírus.
Estatisticas
Casos por país (atualizado em 21 de julho de 2021) GISAID | ||
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País | Casos confirmados | Data de coleta |
Angola | 401 | 22 de abril de 2021 |
Argentina | 1 | 24 de abril de 2021 |
Aruba | 4 | 10 de abril de 2021 |
Austrália | 73 | 28 de junho de 2021 |
Áustria | 260 | 8 de junho de 2021 |
Bahrain | 1 | 9 de abril de 2021 |
Bangladesh | 56 | 16 de junho de 2021 |
Bélgica | 1.075 | 14 de junho de 2021 |
Bósnia e Herzegovina | 1 | 11 de fevereiro de 2021 |
Botswana | 342 | 27 de junho de 2021 |
Brasil | 6 | 5 de abril de 2021 |
Brunei | 1 | 20 de janeiro de 2021 |
Bulgária | 2 | 9 de junho de 2021 |
Camboja | 1 | 31 de maio de 2021 |
Camarões | 9 | 1 de março de 2021 |
Canadá | 860 | 21 de junho de 2021 |
Chile | 4 | 22 de maio de 2021 |
China | 89 | 4 de junho de 2021 |
Colômbia | 1 | 13 de abril de 2021 |
Costa Rica | 12 | 4 de maio de 2021 |
Costa do Marfim | 1 | 6 de março de 2021 |
Croácia | 41 | |
República Checa | 71 | 10 de junho de 2021 |
República Democrática do Congo | 30 | 20 de abril de 2021 |
Dinamarca | 121 | 29 de junho de 2021 |
Djibouti | 22 | 9 de abril de 2021 |
Guiné Equatorial | 43 | 1 de abril de 2021 |
Estônia | 37 | 23 de abril de 2021 |
Eswatini | 26 | 23 de março de 2021 |
Finlândia | 1.123 | 21 de maio de 2021 |
França | 2.149 | 23 de junho de 2021 |
Guiana Francesa | 2 | 7 de abril de 2021 |
Gabão | 4 | 21 de fevereiro de 2021 |
Georgia | 1 | 23 de maio de 2021 |
Alemanha | 2.231 | 19 de junho de 2021 |
Gana | 17 | 8 de abril de 2021 |
Grécia | 19 | 29 de abril de 2021 |
Guadalupe | 4 | 25 de maio de 2021 |
Guam | 3 | 28 de abril de 2021 |
Guinea bissau | 1 | 1 de fevereiro de 2021 |
Índia | 208 | 14 de junho de 2021 |
Indonésia | 10 | 2 de junho de 2021 |
Irã | 2 | 3 de abril de 2021 |
Iraque | 1 | 26 de fevereiro de 2021 |
Irlanda | 69 | 19 de abril de 2021 |
Israel | 240 | 28 de maio de 2021 |
Itália | 69 | 1 de junho de 2021 |
Japão | 89 | 13 de junho de 2021 |
Jordânia | 2 | 18 de abril de 2021 |
Quênia | 178 | 31 de maio de 2021 |
Kuwait | 1 | 21 de junho de 2021 |
Letônia | 9 | 13 de maio de 2021 |
Lesoto | 14 | 18 de janeiro de 2021 |
Lituânia | 11 | 9 de abril de 2021 |
Luxemburgo | 744 | 22 de maio de 2021 |
Malawi | 312 | 16 de abril de 2021 |
Malásia | 161 | 10 de junho de 2021 |
Malta | 3 | 1 de junho de 2021 |
Martinica | 2 | 28 de abril de 2021 |
Maurício | 7 | 12 de março de 2021 |
Mayotte | 32 | 31 de janeiro de 2021 |
México | 20 | 16 de maio de 2021 |
Moçambique | 328 | 22 de abril de 2021 |
Namibia | 9 | |
Holanda | 693 | 27 de maio de 2021 |
Nova Zelândia | 31 | 25 de junho de 2021 |
Macedônia do Norte | 1 | 10 de março de 2021 |
Noruega | 362 | 11 de junho de 2021 |
Paquistão | 35 | 5 de junho de 2021 |
Panamá | 2 | 12 de janeiro de 2021 |
Filipinas | 1.213 | 8 de abril de 2021 |
Polônia | 45 | 7 de junho de 2021 |
Portugal | 99 | 2 de junho de 2021 |
Catar | 650 | 18 de maio de 2021 |
Reunião | 400 | 19 de junho de 2021 |
Romênia | 7 | 26 de maio de 2021 |
Rússia | 23 | 12 de junho de 2021 |
Ruanda | 39 | 15 de junho de 2021 |
Arábia Saudita | 3 | 15 de abril de 2021 |
Cingapura | 100 | 25 de junho de 2021 |
Sint Maarten | 1 | 24 de março de 2021 |
Eslováquia | 31 | 27 de maio de 2021 |
Eslovênia | 31 | 6 de abril de 2021 |
Somália | 1 | |
África do Sul | 6.154 | 21 de junho de 2021 |
Coreia do Sul | 19 | 17 de abril de 2021 |
Sudão do Sul | 3 | 24 de abril de 2021 |
Espanha | 588 | 18 de junho de 2021 |
Sri Lanka | 4 | 26 de março de 2021 |
Suriname | 5 | 31 de março de 2021 |
Suécia | 2.322 | 17 de junho de 2021 |
Suíça | 225 | 22 de junho de 2021 |
Taiwan | 3 | 26 de abril de 2021 |
Tailândia | 40 | 25 de maio de 2021 |
Ir | 2 | 5 de fevereiro de 2021 |
Tunísia | 1 | 24 de abril de 2021 |
Turquia | 912 | 24 de maio de 2021 |
Uganda | 13 | 2 de abril de 2021 |
Emirados Árabes Unidos | 6 | 27 de abril de 2021 |
Reino Unido | 812 | 24 de junho de 2021 |
EUA | 2.454 | 28 de junho de 2021 |
Zâmbia | 161 | 28 de abril de 2021 |
Zimbábue | 331 | 26 de fevereiro de 2021 |
Mundo (103 países) | Total: 28.380 | Total em 21 de julho de 2021 |
História
Uma equipe de genômica liderada pela Plataforma de Inovação e Sequenciamento de Pesquisa KwaZulu-Natal ( KRISP ) da Universidade de KwaZulu-Natal descobriu a nova variante. Foi descoberto por todo o sequenciamento do genoma . Diversas sequências genômicas desta linhagem foram submetidas ao banco de dados de sequências GISAID .
Em 23 de dezembro, o ministro da saúde do Reino Unido Matt Hancock anunciou que duas pessoas que viajaram da África do Sul para o Reino Unido foram infectadas com a variante Beta (variante 501.V2). Em 28 de dezembro, a variante foi detectada em duas pessoas na Suíça e em uma na Finlândia . Em 29 de dezembro, a cepa foi detectada em um visitante da África do Sul ao Japão e em um viajante estrangeiro em Queensland , Austrália . Em 30 de dezembro, a variante foi detectada na Zâmbia . Em 31 de dezembro, também foi detectado na França , em um passageiro que retornava da África do Sul. Em 2 de janeiro de 2021, o primeiro caso dessa variante foi detectado na Coréia do Sul . A Áustria relatou seu primeiro caso dessa variante, junto com quatro casos da variante Alfa em 4 de janeiro. A República do Botswana também detectou o seu primeiro caso a 4 de Janeiro. A República Popular da China relatou o primeiro caso desta variante na província de Guangdong, no sul do país, em 6 de janeiro.
Em 8 de janeiro de 2021, a República da Irlanda relatou a detecção de 3 casos, todos ligados a viagens da África do Sul. No mesmo dia, foi relatado no Brasil um caso de reinfecção com a nova variante por uma mulher que teve COVID-19 , a primeira reinfecção relatada no mundo. O Canadá relatou o primeiro caso dessa variante em Alberta em 9 de janeiro, e Israel relatou quatro casos, todos importados de pessoas que viajavam da África do Sul. A Nova Zelândia relatou o primeiro caso dessa variante em 10 de janeiro. Em 12 de janeiro, a Alemanha relatou a detecção da mutação em seis pessoas de três famílias diferentes. No mesmo dia, foi comunicado que o Reino Unido teve um total de 29 casos, dois dos quais foram notificados anteriormente. No dia seguinte, a Bélgica relatou o primeiro caso em uma pessoa da Flandres Ocidental sem histórico de viagens, Israel relatou mais quatro casos e Taiwan relatou o primeiro caso em um homem suazi na casa dos 30 anos que teve teste positivo para COVID-19 em 1º de janeiro .
Em 14 de janeiro, a Alemanha detectou mais um caso e, no dia seguinte, o Canadá relatou um segundo caso da mutação que foi detectado na província canadense de British Columbia . Um outro caso foi relatado na Alemanha no mesmo dia. A Dinamarca e a Reunião relataram seus primeiros casos em 16 de janeiro, quando Israel descobriu mais quatro casos. Em 17 de janeiro, Israel relatou outros quatro casos, elevando o número total de casos dessa variante para 20. Dois outros casos foram relatados na Holanda em 18 de janeiro, elevando o total do país para três. Gana relatou seu primeiro caso da variante em 19 de janeiro. Em 23 de janeiro, o Panamá detectou o primeiro caso da cepa em uma pessoa do Zimbábue, que havia viajado da África do Sul. Também em 23 de janeiro, a Bélgica notificou pelo menos 15 casos da variante em Ostend, enquanto 6 casos foram confirmados nas Comores. Em 26 de janeiro, a República da Irlanda relatou a detecção de mais 6 casos. Os Estados Unidos notificaram os primeiros casos da variante em 28 de janeiro de 2021, no estado da Carolina do Sul . Em 27 de janeiro, Israel relatou mais 3 casos, que foram os primeiros casos da variante em amostras coletadas na comunidade aleatoriamente, sem saber a fonte da infecção. Dados preliminares relatados pelo Africa CDC em 29 de janeiro indicaram que a variante havia chegado ao Gana . Em 31 de janeiro, Israel relatou seu primeiro caso de reinfecção com a nova variante por um homem que retornou da Turquia .
Em 1 de fevereiro de 2021, o Secretário de Estado de Saúde e Assistência Social do Reino Unido relatou a detecção aleatória de 11 casos da variante em que não havia conexão com viagens internacionais. No mesmo dia, a província canadense de Ontário relatou o primeiro caso da variante na região de Peel , com ausência semelhante de histórico de viagens e nenhum contato com pessoas que haviam estado recentemente no exterior. Em 8 de fevereiro, a República da Irlanda relatou a detecção de mais 2 casos.
Em 8 de fevereiro de 2021, a Áustria detectou o maior surto da variante Beta na Europa até agora. Um total de 293 casos confirmados e 200 casos suspeitos foram identificados por meio de sequenciamento, a maioria deles serão confirmados com toda a probabilidade. Todos os casos foram encontrados na região do Tirol, onde quase 9% dos testes de PCR positivos foram identificados como a variante Beta por sequenciamento. Os casos ativos foram estimados em cerca de 140. Após uma semana de discussão pública e pressão política sobre uma possível quarentena do Tirol, o governo da Áustria se absteve de isolar as áreas de preocupação, em vez de fazer um apelo formal para reduzir o movimento de entrada e saída do região e ir para o teste depois de visitar o Tirol. Autoridades tirolesas declararam sua intenção de flexibilizar as regras de bloqueio no Tirol, em consonância com o resto da Áustria.
Em 22 de fevereiro, o Ministério da Saúde israelense declarou que a variante havia sido sequenciada geneticamente em menos de 1% de 3.000 amostras da comunidade. Mais tarde, Israel relatou um total de 444 casos da variante, tornando-a a maior taxa de infecção do mundo fora da África do Sul. Em 25 de fevereiro, a República da Irlanda relatou a detecção de 4 outros casos. No final de fevereiro, a Turquia tinha 49 casos da variante Beta.
Em 3 de março de 2021, as Filipinas confirmaram seus primeiros 6 novos casos da variante sul-africana, com 3 pacientes de Pasay sem histórico de viagens e 3 com histórico de viagens do Catar e dos Emirados Árabes Unidos . Em 5 de março de 2021, a Romênia relatou seus primeiros dois casos da variante sul-africana, provenientes de dois pacientes em Bucareste e Pitești .
Em 23 de março de 2021, a Lituânia confirmou seus primeiros 2 novos casos da cepa sul-africana, 1 no condado de Kaunas e 1 em Vilnius . Existem mais 10 casos suspeitos disso. As pessoas infectadas disseram que não viajavam para lugar nenhum. Em 26 de março, houve mais 3 casos confirmados, o que significa que o vírus está se espalhando com sucesso para dentro.
Em 1º de abril de 2021, a Malásia detectou seus primeiros casos da variante sul-africana. O ministério da saúde relatou dois casos que se acredita serem originários do agrupamento de Jalan Lima, envolvendo um funcionário baseado no Aeroporto Internacional de Kuala Lumpur (KLIA), com outros casos relatados detectados escassamente em Selangor . Desde 1º de abril, um total de nove casos envolvendo a variante é relatado. Até 2 de maio, um total de 48 casos foram detectados em pelo menos 5 clusters e de rastreamento de contato, dos quais 20 foram encontrados em dois clusters em Perak e Kelantan .
Em 12 de abril de 2021, a Turquia teve 285 casos em 11 províncias.