No início da década de 1930, a cidade de Melilla contava com quatro times de futebol locais: Melilla CF, Sociedad Deportiva Melillense, Deportivo Español e La Hípica. A Unión Deportiva Melilla foi fundada em 6 de fevereiro de 1943. O primeiro jogo oficial foi contra o CD African em 21 de março de 1943. UD Melilla venceu por 5: 1. No entanto, o clube desapareceu por 13 anos. Foi fundada novamente em 1976, alcançou a Segunda Divisão B em 1987 e lá permaneceu desde então.
Plano de fundo do clube
Juventud Español - (1940–43)
Melilla Fútbol Club - (1921–43)
Unión Deportiva Melilla - (1943–56)
Clube Deportivo Tesorillo - (1940–56)
Melilla Club de Fútbol - (1956–76)
Clube Gimnástico de Cabrerizas - (1973–76)
Sociedad Deportiva Melilla - (1971–76)
Gimnástico Melilla Club de Fútbol - (1976–80)
Unión Deportiva Melilla - (1980–)
Outros clubes de Melilla
Club Deportivo Real Melilla - (1939–)
Club de Fútbol Melilla Industrial - (1968–74)
Club de Fútbol Industrial Melilla - (1975-85)
Melilla Fútbol Club - (1985-91)
Rivalidade
O derby Ceuta-Melilla foi entre Melilla e AD Ceuta , que foram dissolvidos em 2012. Os dois clubes viajaram para se defrontarem através do continente espanhol para evitar a entrada em Marrocos.
Nota: As bandeiras indicam a seleção nacional conforme definido nas regras de elegibilidade da FIFA . Os jogadores podem ter mais de uma nacionalidade que não seja da FIFA.
A equipe reserva, UD Melilla B , jogou por vários anos na Primera Autonómica Melilla e na Tercera División antes de encerrar as atividades em 2012. Em 2013, o Casino del Real CF tornou-se a equipe reserva e posteriormente foi renomeado para Melilla B em 2014.