As eleições presidenciais foram realizadas nas Comores em 21 de fevereiro de 2016, com um segundo turno a ser realizado em 10 de abril de 2016, juntamente com as eleições para os governadores das três ilhas. Uma repetição do segundo turno foi realizada em treze constituintes em Anjouan, em 11 de maio. Azali Assoumani da Convenção para a Renovação das Comores foi eleito presidente com 41% dos votos.
A presidência das Comores é rotativa entre as três ilhas principais do país; Anjouan , Grande Comore e Mohéli . As eleições de 2006 limitaram-se a candidatos de Anjouan e as eleições de 2010 aos candidatos de Mohélian. Como resultado, as eleições de 2016 verão a candidatura presidencial limitada aos residentes de Grande Comore.
A eleição primária ocorreu em Grande Comore em 21 de fevereiro, com os três principais candidatos avançando para o segundo turno nacional em 10 de abril, onde uma pluralidade determinou o vencedor.
Campanha
Em 30 de outubro de 2013, o ex-presidente Ahmed Sambi lançou o Partido Juwa , anunciando que concorreria às eleições.
Mohamed Ali Soilihi, candidato presidencial da União para o Desenvolvimento das Comores e ex-vice-presidente das Comores, rejeitou os resultados. Ali Soilihi alegou que os resultados divulgados pela Comissão Eleitoral Nacional Independente são apenas parciais e que a margem é muito pequena para eles declararem os resultados.
Internacional
União Africana : Os observadores da União Africana chefiados por Moncef Marzouki declararam que as eleições foram livres e transparentes e foram conduzidas de forma pacífica.
Liga Árabe : A Liga Árabe declarou o primeiro turno das eleições livre e justo.
União Europeia : Antes das eleições, a União Europeia ajudou a financiar e formar a Comissão Eleitoral Nacional Independente para os ajudar a realizar eleições livres e justas. Embora a UE não tenha enviado uma missão de observadores às ilhas, a Organização Internacional da Francofonia com sede na França enviou uma equipe de observadores. A organização elogiou tanto o povo quanto as autoridades que realizaram as eleições em um processo pacífico e ordeiro.
Nações Unidas : O Secretário-geral da ONU, Ban Ki-moon, elogiou o povo por conduzir as eleições pacificamente e solicitou que todos os membros da eleição resolvessem suas questões de maneira pacífica e legal.
Rescaldo
Depois que os resultados provisórios foram divulgados, Mohamed Ali Soilihi se recusou a aceitar sua derrota para Azali Assoumani e afirmou que nem todos os resultados de Anjouan foram divulgados adequadamente e a margem era muito estreita para o CENI declarar o vencedor. O Tribunal Constitucional ordenou uma nova corrida parcial a ser realizada em 13 circunscrições até 15 de maio.
Liga Árabe : A Liga Árabe declarou o primeiro turno das eleições livre e justo. 
União Europeia : Antes das eleições, a União Europeia ajudou a financiar e formar a Comissão Eleitoral Nacional Independente para os ajudar a realizar eleições livres e justas. Embora a UE não tenha enviado uma missão de observadores às ilhas, a Organização Internacional da Francofonia com sede na França enviou uma equipe de observadores. A organização elogiou tanto o povo quanto as autoridades que realizaram as eleições em um processo pacífico e ordeiro. 
Nações Unidas : O Secretário-geral da ONU, Ban Ki-moon, elogiou o povo por conduzir as eleições pacificamente e solicitou que todos os membros da eleição resolvessem suas questões de maneira pacífica e legal.