De acordo com o arranjo e autorização do Conselho de Estado, o escritório se encarrega dos preparativos relevantes para as negociações e acordos com o que a China Continental chama de "autoridades de Taiwan" (ou seja, o governo da República da China e suas organizações governamentais autorizadas). A agência administra e coordena links diretos de correio, transporte e comércio através do Estreito de Taiwan , se encarrega da mídia e do trabalho de publicidade relacionados a Taiwan, censura e divulga notícias e informações sobre assuntos de Taiwan e lida com grandes incidentes relacionados a Taiwan.
O Conselho de Assuntos de Taiwan também é responsável pela coordenação com o planejamento geral das relações econômicas e comerciais relacionadas com Taiwan e intercâmbios e cooperação em áreas como finanças, cultura, pesquisa acadêmica , esportes, ciência e tecnologia, saúde e outros com os departamentos envolvidos . Também administra o intercâmbio de pessoal, observações e simpósios entre as duas partes e o trabalho relevante em conferências internacionais envolvendo Taiwan.
Os membros do Escritório de Assuntos de Taiwan são simultaneamente membros do Comitê Central do Partido Comunista da China e do Escritório de Tarefas de Taiwan. O último título é usado quando se trata de funcionários em Taiwan em regime de partido a partido.
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