Banco de dados Membranome - Membranome database

Membranome
Contente
Descrição Dados sobre proteínas transmembrana de período único (bitópico) em genomas
Tipos de dados
capturados
Todas as proteínas bitópicas de seis organismos modelo
Organismos Homo sapiens , Arabidopsis thaliana , Dictyostelium discoideum , Saccharomyces cerevisiae , Escherichia coli , Methanococcus jannaschii
Contato
Centro de Pesquisa Universidade de Michigan College of Pharmacy
Citação primária PMID  27510400
Data de lançamento 2017
Acesso
Local na rede Internet http://membranome.org
URL de download [1]
Ferramentas
Rede FMAP e TMDOCK
Diversos
Versão 2.0
Política de curadoria Curado

O banco de dados Membranome fornece informações estruturais e funcionais sobre mais de 6000 proteínas transmembrana de passagem única (bitópica) de Homo sapiens , Arabidopsis thaliana , Dictyostelium discoideum , Saccharomyces cerevisiae , Escherichia coli e Methanocaldococcus jannaschii . As proteínas de membrana bitópica consistem em uma única alfa-hélice transmembrana conectando os domínios solúveis em água da proteína situados nos lados opostos de uma membrana biológica. Essas proteínas estão freqüentemente envolvidas na transdução de sinal e na comunicação entre células em organismos multicelulares .

O banco de dados fornece informações sobre as proteínas individuais, incluindo modelos tridimensionais gerados computacionalmente de suas alfa-hélices transmembrana espacialmente arranjadas na membrana, topologia , localizações intracelulares , sequências de aminoácidos , arquitetura de domínio , anotação funcional e estruturas experimentais disponíveis no Banco de Dados de Proteínas . Ele também fornece uma classificação de proteínas bitópicas em 15 classes funcionais, mais de 700 superfamílias estruturais e 1400 famílias, juntamente com estruturas 3D de complexos de proteínas bitópicas que também são classificados em diferentes famílias. A segunda versão do Membranome fornece modelos 3D de mais de 2.000 homodímeros paralelos formados por TM α-hélices de proteínas bitópicas de diferentes organismos que foram gerados usando o programa TMDOCK. Os modelos dos homodímeros foram verificados através da comparação com dados experimentais disponíveis para cerca de 600 proteínas. O banco de dados inclui arquivos de coordenadas para download de hélices transmembrana e seus homodímeros com limites de membrana calculados.

O site do banco de dados fornece acesso a servidores da web relacionados, FMAP e TMDOCK, que foram desenvolvidos para modelar alfa-hélices individuais e seus complexos diméricos em membranas. O banco de dados e os servidores da web foram usados ​​em estudos experimentais e de bioinformática de proteínas de membrana bitópica.

Referências