Banco de dados Membranome - Membranome database
Contente | |
---|---|
Descrição | Dados sobre proteínas transmembrana de período único (bitópico) em genomas |
Tipos de dados capturados |
Todas as proteínas bitópicas de seis organismos modelo |
Organismos | Homo sapiens , Arabidopsis thaliana , Dictyostelium discoideum , Saccharomyces cerevisiae , Escherichia coli , Methanococcus jannaschii |
Contato | |
Centro de Pesquisa | Universidade de Michigan College of Pharmacy |
Citação primária | PMID 27510400 |
Data de lançamento | 2017 |
Acesso | |
Local na rede Internet | http://membranome.org |
URL de download | [1] |
Ferramentas | |
Rede | FMAP e TMDOCK |
Diversos | |
Versão | 2.0 |
Política de curadoria | Curado |
O banco de dados Membranome fornece informações estruturais e funcionais sobre mais de 6000 proteínas transmembrana de passagem única (bitópica) de Homo sapiens , Arabidopsis thaliana , Dictyostelium discoideum , Saccharomyces cerevisiae , Escherichia coli e Methanocaldococcus jannaschii . As proteínas de membrana bitópica consistem em uma única alfa-hélice transmembrana conectando os domínios solúveis em água da proteína situados nos lados opostos de uma membrana biológica. Essas proteínas estão freqüentemente envolvidas na transdução de sinal e na comunicação entre células em organismos multicelulares .
O banco de dados fornece informações sobre as proteínas individuais, incluindo modelos tridimensionais gerados computacionalmente de suas alfa-hélices transmembrana espacialmente arranjadas na membrana, topologia , localizações intracelulares , sequências de aminoácidos , arquitetura de domínio , anotação funcional e estruturas experimentais disponíveis no Banco de Dados de Proteínas . Ele também fornece uma classificação de proteínas bitópicas em 15 classes funcionais, mais de 700 superfamílias estruturais e 1400 famílias, juntamente com estruturas 3D de complexos de proteínas bitópicas que também são classificados em diferentes famílias. A segunda versão do Membranome fornece modelos 3D de mais de 2.000 homodímeros paralelos formados por TM α-hélices de proteínas bitópicas de diferentes organismos que foram gerados usando o programa TMDOCK. Os modelos dos homodímeros foram verificados através da comparação com dados experimentais disponíveis para cerca de 600 proteínas. O banco de dados inclui arquivos de coordenadas para download de hélices transmembrana e seus homodímeros com limites de membrana calculados.
O site do banco de dados fornece acesso a servidores da web relacionados, FMAP e TMDOCK, que foram desenvolvidos para modelar alfa-hélices individuais e seus complexos diméricos em membranas. O banco de dados e os servidores da web foram usados em estudos experimentais e de bioinformática de proteínas de membrana bitópica.