Jim Kent - Jim Kent

Jim Kent
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Foto cortesia de Jim Kent.
Nascer ( 10/02/1960 )10 de fevereiro de 1960 (idade 61)
Nacionalidade Estados Unidos
Alma mater Universidade da Califórnia, Santa Cruz
Prêmios Prêmio Overton Prêmio
Benjamin Franklin (Bioinformática)
Carreira científica
Tese Remendando e pintando o esboço de trabalho do genoma humano  (2002)
Orientador de doutorado Alan M Zahler
Outros conselheiros acadêmicos David Haussler
Local na rede Internet www .soe .ucsc .edu / ~ kent

William James Kent (nascido em 10 de fevereiro de 1960) é um americano cientista de pesquisa e programador de computador . Ele tem contribuído para projetos de banco de dados de genoma e vencedor em 2003 do Prêmio Benjamin Franklin .

Vida pregressa

Kent nasceu no Havaí e cresceu em São Francisco, Califórnia , Estados Unidos .

Animação por computador

Kent começou sua carreira de programação em 1983 na Island Graphics Inc., onde escreveu o programa Aegis Animator para o computador doméstico Amiga . Este programa combinava interpolação de polígonos em 3D com animação simples baseada em células 2D. Em 1985, ele fundou e dirigiu uma empresa de software, a Dancing Flame, que adaptou o Aegis Animator para o Atari ST , e criou o Cyber ​​Paint para essa máquina. Cyber ​​Paint era um programa de animação 2D que reunia uma ampla variedade de animação e funcionalidade de pintura e o formato de animação delta comprimido desenvolvido para CAD-3D. O usuário pode se mover livremente entre os quadros da animação e pintar arbitrariamente, ou utilizar várias ferramentas de animação para o movimento de interpolação automática entre os quadros. Cyber ​​Paint foi um dos primeiros, senão o primeiro, programa de consumidor que permitiu ao usuário pintar através do tempo em um formato de vídeo digital compactado. Mais tarde, ele desenvolveu um programa semelhante, o Autodesk Animator para PC , em que a compressão da imagem melhorava a ponto de poder ser reproduzida no disco rígido, e era possível pintar usando "tintas" que realizavam transformações algorítmicas como suavização, transparência e mosaico padrões. O Autodesk Animator foi usado para criar arte para uma ampla variedade de videogames.

Envolvimento com o Projeto Genoma Humano

Em 2000, ele escreveu um programa, GigAssembler, que permitiu ao Projeto Genoma Humano, financiado publicamente, montar e publicar a primeira sequência do genoma humano. Seus esforços foram motivados pelas necessidades de pesquisa dele e de seus colegas, mas também por preocupação de que os dados pudessem se tornar proprietários por meio de patentes da Celera Genomics . Em sua disputa acirrada com a Celera, Kent e a UCSC, o Professor David Haussler construiu rapidamente um modesto cluster de 50 computadores pessoais básicos rodando o sistema operacional Linux para rodar o software. Em contraste, a Celera estava usando o que se pensava ser um dos supercomputadores civis mais poderosos do mundo. A primeira montagem de Kent no genoma humano foi divulgada em 22 de junho. A Celera terminou sua montagem três dias depois, em 25 de junho, e os resultados duplos foram anunciados na Casa Branca em 26 de junho. Em 7 de julho de 2000, os dados de Santa Cruz foram feitos disponível publicamente na World Wide Web enquanto o artigo de pesquisa que descreve este genoma financiado publicamente foi publicado na edição especial de fevereiro de 2001 da Nature , em paralelo com os resultados da Celera na revista Science . Em 2002, Tim O'Reilly descreveu o trabalho de Kent como "o trabalho mais significativo de desenvolvimento de código aberto no ano passado". Embora todo o software genômico de Kent seja de código aberto, no sentido de que o código-fonte pode ser baixado e lido gratuitamente, e todo o software pode ser usado gratuitamente para uso acadêmico, sem fins lucrativos e pessoal, alguns deles requerem uma licença , também da UCSC ou da Kent Informatics Inc., para uso comercial.

Depois do GigAssembler, Kent passou a escrever o BLAT (ferramenta de alinhamento semelhante ao BLAST) e o UCSC Genome Browser para ajudar a analisar dados importantes do genoma. Kent continua a trabalhar na UCSC principalmente em ferramentas da web para ajudar a entender o genoma humano. Ele ajuda a manter e atualizar o navegador e trabalhou em genômica comparativa, Parasol, um software de gerenciamento de controle de trabalho para o kilocluster UCSC e o Projeto ENCODE .

Referências

links externos